一、低度管制「境內關外」
區內事業高度自主管理，政府低度行政管制。港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之自主管理。

二、稅捐優惠
國外運入自由港區內之貨物、自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費等。
區內免稅貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區，經向海關申請核准者，得免提供稅款擔保。

三、營運範圍擴大
(一)業務項目增加：如貿易、倉儲、物流、貨櫃(物)之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝修配、加工、製造、展覽或技術服務等。
(二)營運條件寬廣：享有關務作業調整、租稅優惠、經營業務範圍擴大、貨物存儲時間不受限制及可僱用外勞等有利經營之措施，營運空間較現行物流中心業者寬廣。
(三)加值轉運整合：自由貿易港區內可進行各項加值加工作業，其後再轉運出口。

四、貨物自由流通
區內得進儲之物品，除違禁品、毒品、槍械、武器、彈藥等少數物品須經各該目的事業主管機關核准外，不受其他法律或其他法規命令之輸入規定限制。
國外貨物進儲自由港區、或區內貨物輸往國外或轉運至其他自由港區，區內事業以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，即可進出自由港區。

五、資訊化門禁管制
檢查哨建置影像辨識系統結合關貿網路貨櫃動態資料庫系統，可縮短車輛進出站作業時間，加速轉運作業時效，節省轉口櫃人工押運作業成本。

六、單一窗口服務
除港埠服務業務外，經目的事業主管機關委託或委任，自貿港區管理機關可辦理下列各項業務：
（一）勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查
（二）工商登記證照之核發
（三）工業用電證明之核發
（四）外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之核發
（五）申請稅捐減免所需相關證明之核發
（六）貨品輸出入簽證、原產地證明及再出口證明之核發
（七）土地使用管制及建築管理